Il existe au niveau du District de Bamako et de chacune des régions administratives du Mali un conseil de l'Ordre.

Ces conseils administrent les Médecins exerçant dans ces localités et inscrits à l'une des trois sections de l'Ordre.

N.B: Les Conseils régionaux exercent à l'échelle de la région, et sous le contrôle du Conseil National, les attributions générales de l'Ordre des Médecins.

1. Conseil Régional de Kayes

- Président: Amadou DIALLO

- Secrétaire Général: Adama Salifou DIAKITE

- Trésorier: Ousmane Sambou SISSOKO

- Secrétaire à l'Organisation: Bourama KAMISSOKO

- Secrétaire aux Conflits et aux Affaires Sociales: Cheick Hamala KONE

2. Conseil Régional de Koulikoro

- Président: Daouda SANGARE

- Secrétaire Général: Mamadou Fassery DIAKITE

- Trésorier: Abdrahamane Baba TABOURE

- Secrétaire à l'Organisation: Aboubacary KONATE

3. Conseil Régional de Sikasso

- Président: Madou TRAORE

- Secrétaire Général: Soumaïla Alama TRAORE

- Trésorier: Assitan Baya SIDIBE

- Secrétaire à l'Organisation: Abdoul Karim dit Zantigui SAMAKE

- Secrétaire aux Conflits et aux Affaires Sociales: Sekou COULIBALY

4. Conseil Régional de Ségou

- Président: Thierno Boubacar BAGAYOKO

- Secrétaire Général: Adama BAH

- Trésorier: Sory Ibrahim KONE

- Secrétaire à l'Organisation: Boubacar Badjan DIARRA

5. Conseil Régional de Mopti

- Président: Moussa SAYE

- Secrétaire Général: Moussa SACKO

- Trésorier: Yacouba GUINDO

- Secrétaire à l'Organisation: Siaka COULIBALY

6. Conseil Régional de Tombouctou

- Président: Mahamane Albassadje HARBER

- Secrétaire Général: Allasseini BALAM

- Trésorier: Bocar M TRAORE

- Secrétaire à l'Organisation: Waissoun ABDOULAYE

- Secrétaire aux Conflits et aux Affaires Sociales: Amadou DIALLO

7. Conseil Régional de Gao

- Président: Moussa Salihou MAIGA

- Secrétaire Général: Abdoul Aziz YACOUBA

- Trésorier: Fadimata ATTEYINE

- Secrétaire à l'Organisation: Mahamadou MOUSSA

- Secrétaire aux Conflits et aux Affaires Sociales: Youssouf Almoustapha TOURE

8. Conseil du District de Bamako

- Président: Modibo DOUMBIA

- Secrétaire Général: Bouréma DEMBELE

- Trésorier: Massédou TRAORE

- Secrétaire à l'Organisation: Koumba BAGAYOKO

- Secrétaire aux Conflits et aux Affaires Sociales: Famady KEITA